该片由立川让(《零的执行人》)执导,樱井武晴编剧,聚焦柯南、灰原哀与黑暗组织之间的纠葛。在园子的邀请下,柯南与少年侦探团一起访问了八丈岛。柯南潜入设施内后,发生了一名女性工程师被黑衣组织绑架的事件,她所拥有的记录某个信息的USB被落入组织手中。而此时身在八丈岛的灰原哀身边,也正有黑影在悄悄靠近。故事源于近年一些国人在海外旅行时发生的案件。陈思诚翻看偶见报端的新闻报道,试着把自己置身于案件当事人的视角,不觉生出疑问“如果一个人在孤立的环境下,发生这些意外,会是怎样一种状态?”《消失的她》落笔创作,由此起心动念。